Motif-motif Batik Borobudur diambil dari relief-relief Candi Borobudur yang kaya akan unsur alam, tumbuhan, hewan, dan ornamen dekoratif. Beberapa motif yang dikenal antara lain Kalpataru, Purnagalasa / Purnakalasa, Lotus (Vas Teratai), dan motif dekoratif flora/fauna lainnya seperti relief hewan di dinding candi. Kalpataru sendiri sering digambarkan sebagai pohon kehidupan yang rindang, sebagai simbol bahwa kehidupan terus tumbuh dan memberi kehidupan; sedangkan motif vas teratai atau lotus melambangkan kemurnian dan keindahan, berkembang dari dasar yang kotor tetapi tetap bersih dan indah kuncupnya. 

Motif Purnagalasa (bisa juga disebut Purna Kalasa / Purna-Kalasa) sering diartikan sebagai “penuh segala berkah” atau “kemakmuran yang sempurna”. Motif ini kadang digambarkan sebagai vas atau guci yang penuh, terkadang dihias dengan unsur bunga dan daun sebagai simbol kesejahteraan dan kesuburan. Relief-relief lain yang memasukkan unsur tumbuhan lotus / vas teratai memperkuat bahwa filosofi Batik Borobudur selain estetika juga membawa makna spiritual dan alamiah. 

Beberapa motif lain yang sudah dikembangkan adalah motif “Lotus mekar”, “Vas teratai”, bahkan motif-motiv flora/ornamen tumbuhan seperti bunga dan dedaunan yang terinspirasi dari relief dekoratif di struktur candi. Ada pula motif dekoratif hewan yang muncul dalam relief-relief Borobudur yang kemudian diadaptasi menjadi bentuk isen atau hiasan kecil di dalam kain batik. 

Proses pewarnaan dalam beberapa motif tetap berpegang pada teknik tradisional, meskipun ada variasi motif kontemporer. Pilihan pewarna alami atau semi alami kadang digunakan terutama pada motif yang ingin lebih “alami” tampilannya dan ramah terhadap lingkungan. Teknik mencanting, pewarna tangan (hand drawing atau cap), dan finishing pengeringan di alam terbuka tetap menjadi bagian dari metode produksi agar motif tetap terlihat detail dan warna tetap alami.

Keunikan motif Batik Borobudur juga terletak pada perpaduan antara detail relief batu candi, tekstur dan garis pahatan, dengan fleksibilitas bentuk kain batik yang bisa jadi kain panjang, busana, atau aksesoris. Artinya motif yang awalnya sangat detil, kemudian diadaptasi agar tetap cocok di kain (tidak terlalu ramai agar motif terlihat saat dipakai). Dengan demikian, Batik Borobudur tidak hanya sebagai kain hias, tetapi karya seni yang dapat dipakai dan dibanggakan.